1-Okul binasının orta kısmı eski İzmir Milletvekillerinden 1 Nisan 1948'de ölen Milaslı Halil Menteşe'nin bağışladığı arsa üzerine halkın yardımı ile 1912' de okul olarak yapılmıştır. Okul "Hadikai İsmet İnas Mektebi" adı ile açılmıştır. Zaman geçtikçe çatlaklıklar hâsıl olmuş, onarılmasına lüzum görülerek özel idarenin verdiği ödenekler 1920 yılında onarılmıştır. Bu binada 1929 yılında İKMAL MEKTEBİ açılmış, okulun özel idaresinin yardımının azalması üzerine 1930 Eylül'ünde okul kapatılmıştır.
1931-1932 öğretim yılında 1. ve 11. sınıf şubeleri bu binada öğretim yapmıştır. İkmal okulu öğrencilerinin bir kısmı civar ortaokullara yerleşmiş, mühim bir kısmı da tahsili terk etmek zorunda kalmıştır. 1 Ekim 1932'de aynı binada Ortaokul açılarak ikmal okulundan ayrılanlar civar ortaokullarda okuyan öğrencilerle 3 sınıf teşkil edilerek 5 öğretmen, 27 kız ve 60 erkek öğrenci ile öğretime başlamışlardır.
Bina ihtiyaca kafi gelmediğinden eski binaya ek olarak 1935 yılında ÖZEL İDARECE verilen ödenekle iki dershaneli bir pavyon ilave edilmiştir. 1941 yılında iki dershane, 1943 yılında da dört dershane asıl binaya ilave edilmiştir. Muğla İli Daimi Encümeninin 18 Ocak 1945 gün ve 14909/29 sayılı kararı ile özel idareden Milli Eğitim Bakanlığınca 8.000 TL'ye satın alınmış ve 26 Nisan 1945 tarihinde de hazine adına tapusu alınmıştır.
1946 öğretim yılı yaz tatilinde çatlamış olan eski binanın üst katı alınarak bina bugünkü haline getirilmiştir.
1963 yılında M.K.E. tipi 1. baraka yapılmıştır.
1965 yılında M.K.E. tipi 2. baraka yapılmıştır.
Barakalardan 2.si: Kantin ve Beden Eğitimi salonuna dönüştürülerek kullanılmıştır.
2-1984 yılında özel idare bütçesinden 1.600.000.TL temin edilerek emanet usulü Fen Laboratuarı tamamlatılarak hizmete açılmıştır.
3-1989-1990 öğretim yılında özel idare bütçesiyle okul arsası içine 23 derslikli bina hizmete girmiştir.
4-1986-1987 öğretim yılından 1989-1990 öğretim yılına kadar çift öğretim yapılmış, yeni binanın 1989-1990 öğretim yılında hizmete girmesiyle 1989-1990 öğretim yılında normal öğretime geçmiştir.
5-1997 yılında zorunlu eğitim 8 yılla çıkınca 1997-1998 eğitim öğretim yılında Okulumuz adı Milas Merkez İlköğretim Okulu olarak değiştirildi.
Okulumuzda Milas Merkez İlköğretim Okulu Koruma Derneğince 1999-2000 Eğitim-Öğretim yılında bir adet Fen Bilgisi Laboratuarı yapılmış, 2000 yılında Bakanlığımızca 1 adet Bilgisayar Laboratuarı yapılmıştır. Laboratuarlarımız düzenli bir şekilde kullanılmıştır. 1998 yılında terk edilen eski binamızın tamiratının yapılabilmesi için Milas Ortaokulundan mezun olanlar tarafından Milas Ortaokulu Mezunlar Derneği adıyla bir dernek kurulmuştur. Bu dernek vasıtasıyla okulumuz Okul Aile Birliği katkıları ve il özel idaremizin katkıları ile eski binamız tamamen bitirilmiş ve eğitim öğretime kazandırılmıştır. Okul bahçemizdeki arsa üzerine 2007 yılında Özel İdare bütçesinden 600.000 TL muhammen bedelle 15 derslikli 1 adet çok amaçlı salon ve 1 toplantı salonundan oluşan ek bina inşa edilerek 2008-2009 Eğitim Öğretim yılına hazır hale getirilmiştir.
2012-2013 Eğitim –öğretim yılında yeni geçilen 4+4+4 sistemiyle okulumuz ikiye ayrılmıştır. ve yeni adıyla yeniden Milas Merkez Ortaokulu olarak eğitim-öğretime devam etmektedir.
Okulumuz bu bölgenin en eski ortaokullarından olup, birçok politikacı bürokrat ve askeri yetiştirmiş ve bu kişiler önemli görevlerde bulunmaktadır.
2023-2024 Eğitim ve Öğretim Yılı itibariyle; 1 Müdür, 2 Müdür Yardımcısı, 48 Branş öğretmen, 2 Rehber Öğretmen, 1 İdari Memur, 1 Yardımcı Memur, 2 TYP Çalışanı(İş-Kur) ve 796 öğrencisi ile Eğitim Öğretime devam etmektedir .